ניהול הנדסת מערכת הינו תהליך מורכב, המשלב בתוכו את מירב תחומי הידע הנדרשים. התהליך מתחיל תוך כדי היזום, וסדרת פעילויות הנכללות בתהליך תכנון הנדסת מערכת/מערכות. ניהול הנדסת המערכת משווה ללא הרף את הביצוע לתכנון. כך מתבצעת השוואת הביצוע להגדרת הדרישות מכל בעלי העניין ותכולת העבודה בחבילות עבודה (WBS), תוך נקיטה בלתי פוסקת של פעולות מתקנות לפערים שמזהה צוות הפרויקט
במקביל לפעילות הליבה של ניהול הנדסת המערכת, מבוקרות גם תוכניות עזר: תוכנית אינטגרציה והוכחת המוצר, תוכנית רכש, תוכנית יצור, תכנית איכות, תכנית ניהול סיכונים, ותוכנית תמיכה כוללת במוצר שבשירות (ILS).
תכנית הנדסת המערכת הינה דינמית ומשתנה על פי משוב המתקבל מביצוע בקרת הפרויקט. שערי בקרה שבאבני דרך ראשיות מבצעות מדידה מול רשימות תיוג. בקרה רציפה חייבת להתבצע גם בין אבני הדרך למניעת הפתעות.
e2eS מספקת שירות מלא (ניהול כל התוכנית) או חלקי (כל מצרף של תוכניות על פי דרישת הלקוח).